W czasie potopu szwedzkiego w Krakowie doszło do gorszących scen kolaboracji miejscowych Żydów z najeźdźcą.
Jak pisze dr Radosław Sikora, „krakowscy Żydzi w przeciwieństwie do chrześcijańskich mieszczan, czy młodzieży akademickiej, nie chwycili za broń, by wspólnie przeciwstawić się najeźdźcy. W trakcie oblężenia Żydzi wykorzystali okazję do przysłużenia się najeźdźcom i wzbogacenia się”: „Tutaj [w klasztorze Kanoników Laterańskich przy kościele Bożego Ciała na Kazimierzu] hordy nieprzyjacielskie […] wraz z przebranymi po niemiecku żydami ze wsi i miasteczek, bydło, konie, owce zabierali i do sadu klasztornego naganiali i zabijali na potrzebę dworu królewskiego [szwedzkiego króla Karola X Gustawa] […] z kościołów brali aparaty i z nich w refektarzu nasi krawcy polscy i szwedzcy robili kabaty, pludry, pendety i inne rzeczy. Wina z piwnic miejskich, szlacheckich pozabierali, zwozili do klasztoru, i tutaj […] robili piwa i miody”.
Jak pisze polski historyk: „Żydzi skupowali za bezcen od żołnierzy szwedzkich zrabowane mienie ludności Kazimierza, za co spotkał ich surowy odwet ze strony Czarnieckiego, który przed opuszczeniem Krakowa skonfiskował, jak wiemy, całą zawartość ich sklepów, piwnic i lombardów w tym mieście i wywiózł ją do Będzina”.
Żydów oskarżono także o znacznie cięższe przewinienie: „to oni pokazali Szwedom słabe strony fortyfikacyj i razem z nimi złupili kościoły i sprzedali srebra na szmelc”.
Jak pisze dr Sikora, jedną z najcenniejszych zdobyczy szwedzkich był piękny ołtarz ofiarowany w 1518 roku przez króla Zygmunta. Ołtarz zakopano na cmentarzu katedralnym. Jednak szwedzki dowódca krakowskiego garnizonu, gen. Paul Würtz, dowiedział się o tym od Żydów. Odnalazł go i sprzedał Żydowi Pinkusowi. Po odzyskaniu Krakowa przez Polaków, w wyniku ciągnących się kilka lat procesów, skazano żydowską gminę Krakowa na zapłacenie odszkodowania w wysokości 10 000 zł: „za doprowadzenie Szwedów do odnalezienie ołtarza, połamanie i potłuczenie go”.